Een genomische marker (of genetische marker) is een specifiek(e) gen of DNA-sequentie gerelateerd aan een bekend kenmerk. Ze worden gebruikt voor bestudering van de relatie tussen ziekten en genetica. Een genetische marker kan dienen als vlag voor een ander gen. De marker moet op hetzelfde chromosoom gelegen zijn en zo dicht bij het andere gen dat beide genen genetisch gekoppeld zijn en vaak gezamenlijk overerven.