Farmaco-epidemiologie is de bestudering van het gebruik en de effecten van geneesmiddelen in grote groepen mensen. Het berekent de kans op gunstige effecten van een geneesmiddel in een populatie en de kans op ongewenste effecten. Het betreft de continue controle van een populatie op ongewenste effecten en andere veiligheidskwesties.
Farmaco-epidemiologie is het vakgebied waarbinnen wordt bestudeerd in welke mate geneesmiddelen leiden tot het ontstaan of de verergering van ziekten. Op grond van dit soort kennis kan, zo is de bedoeling, het medicijngebruik beter bewaakt worden.
Een voorbeeld is het onderzoek aan het gebruik van de anticonceptiepil. In een aantal gevallen leidde anticonceptie met deze pil tot verhoogde kans op ziekten. Op grond van dit inzicht zijn richtlijnen gekomen. Onderzoek in de farmaco-epidemiologie vindt aan verschillende universiteiten plaats. Ook in onderwijsprogramma's heeft het een plaats.