vernietiging door een cel van schadelijke bestanddelen die in het levend weefsel zijn binnengedrongen
Fagocytose (v. Gr. phagein = eten; kytos = holte, thans: cel) is het proces waarbij het membraan van een cel vaste deeltjes, zoals andere cellen, omsluit en zo een holte (fagosoom) binnen de cel vormt waarin de omsloten deeltjes buiten het cytoplasma veilig opgeslagen worden. Door secretie van proteases naar het fagosoom kunnen eiwitten worden afgebroken zodat de onderdelen door de cel kunnen worden hergebruikt. De fagosoom heeft de vorm van een kleine ovaal.
Het proces van fagocytose is ontdekt door de Russische microbioloog Ilja Iljitsj Metsjnikov, die voor deze ontdekking in 1908 de Nobelprijs voor de Fysiologie of Geneeskunde ontving.
Het opnemen van vloeistoffen wordt pinocytose genoemd. Fagocytose en pinocytose zijn vormen van endocytose.